SuperFaktúra dokáže plne automaticky zaevidovať platbu v prípade, že vám zákazník zaplatí prostredníctvom online platby cez platobný systém Besteron, ktorý je so SuperFaktúrou priamo prepojený.
Čo sa týka iných spôsobov platby, správa sa SuperFaktúra presne tak, ako jej e-shop prikáže.
To znamená, že ak máte vytvorený kompletný platobný systém priamo vo Vašom e-shope, ten vie SuperFaktúre poslať echo, že platba je uhradená a „vypýtať“ si od nej faktúru.
Ak tento systém v e-shope nemáte, je potrebné platby s SuperFaktúre spárovať buď prostredníctvom bankového výpisu, alebo ručne.